2006年7月29日
「a-nation」はエイベックスが毎年夏に開催する野外ライブイベント。初めて出演した2005年のa-nationは新人ステージの１公演のみだったが、2回目となった2006年はメインステージへ格上げされ、5都市5公演に出場した。
セットリスト
・Somebody To Love
・Begin
・Sky
・Rising Sun
ユンホの不在
「Rising Sun」 ツアーのマレーシア公演（7月14日）で左足首を痛めたユンホは、a-nationの全公演を欠席することとなった。ユンホは7月初旬にも扁桃腺の痛みで入院しており、災難続きの時期であった。
ユンホは夏の間、体を休めるために韓国に居たので、ライヴが終わるたびにユンホに国際電話をして、“今日はこんな感じだったよ”ってみんなで話して伝えていたんです。（ジェジュン）
雑誌「BARKS+plus」2007年Spring号
活動から離れて一人で治療に専念するユンホの辛い心中を思い、ユンホの分まで頑張ろうという気迫でa-nationに臨む残りのメンバーは、会場ではステージ前から元気いっぱいだったようだ。a-nationの舞台裏レポートにはそんな4人の様子が描かれている。
到着するやいなや用意されていた昼食へと一目散。（中略）食事が終わるとアーティストが待ち時間に遊ぶように用意されたバスケット・コートやサッカー・ボール、卓球でとことん遊びまくる……。ジェジュンに至っては、パンチング・マシーンで隣にいたAAAのメンバーも驚くほどの最高得点を出すなど真剣な遊びっぷり。
滝のような汗をかいてスタッフから続行中止命令が……（苦笑）
雑誌「WHAT’s IN?」2006年10月号
ステージでは、ユンホがいないため、歌詞のパート分けやダンスの振り付け・立ち位置を4人用に組み直したバージョンで臨んだ。
例えば『Rising Sun』のユンホのラップパート「今疲れた身体にBeat, Tune 悲しみの涙は封印中 ああ、身体中で君を受け止めたい 輝ける明日にKiss やってみるか！」はジェジュンが挑戦。実際にやってみて改善点が出ることもあったため、毎回ステージ後に振り付けや立ち位置を修正して覚え直したという。
この年、日本で初のライブツアーを通じて観客と一緒に盛り上がる感覚を覚えたばかりの東方神起にとって、a-nationはさらに大きな会場でパフォーマンスができる刺激的な体験だったようだ。
ずっとやってみたいと思っていたラップを体験できたことは、本当に嬉しかったですが、ユンホがいないのは寂しかったです。お客さんに自分たちを知らない人がいたことも、逆に嬉しかったです。（ジェジュン）
Bigeast会報 Vol.2
ジェジュンにとってこの年のa-nationはかなり楽しかったようで、終わってすぐにマネージャーに「次の（年の）a-nationも出たい！」と言うほどだったという。
テレビ取材
関西テレビの音楽番組「音エモン」（9月1日放送）では、神戸公演の舞台裏での東方神起に密着。屋台ブースなどで待ち時間を楽しく過ごすメンバーらの姿が紹介された。
屋台ブースを散策中、果物が食べたくなったジェジュンはりんご飴に初挑戦した。
（りんご飴を一口かじって）甘いっ！おいしいですけど、僕甘いのはあんまり好きじゃないです（笑）
関西テレビ「音エモン」2006年9月1日放送
また、ステージに本番に向けたスタミナ注入のため、ニンニク注射にも初挑戦。ジェジュンは腕を差し出しおそるおそる見つめていたが、針を刺した瞬間痛がって悶えていた。
その姿を見て次の挑戦者のユチョンは怯えて大騒ぎ。ステージ前に逆にスタミナを使ってしまうのではないかと思えるほどだった。
日程および開催地
7月29日 新潟（国営越後丘陵公園）
8月5日 福岡（海の中道海浜公園）
8月12日 名古屋（ポートメッセなごや）
8月19日 神戸（神戸ポートアイランド）
8月26日 東京（味の素スタジアム）
この時期、日本では『Sky』のプロモーション活動、韓国ではアルバム『“O”-正・反・合』の制作も並行して行われた。
DVD
『HISTORY in JAPAN Vol.2』にはa-nationの2曲のステージと舞台裏の映像、ジェジュンのインタビューが収録されている。
『History in JAPAN Special』には舞台裏やジェジュンのインタビューは入っていないが、オープニングのダンスパフォーマンスも含め全4曲を通しで見ることができる。