2006年12月16日
Rhythm Nation（リズムネーション）はエイベックスが主催する室内音楽フェス。夏の野外フェスのa-nationと同様、エイベックスの人気アーティストが多数出演する。この年の出演者は、東方神起の他にはEXILE、倖田來未、LISA、SOUL’d OUTなどであった。
会場は代々木競技場第一体育館だが、一万人以上を収容する大会場は、この頃の東方神起にとって日本ではまだあまり馴染みがなかった。同等規模の会場の経験としては、幕張メッセで初めてのファンクラブイベントを行ったのが約１カ月前である。
セットリスト
＜12月16日＞
Step by Step
Begin
“O” -正・反・合
＜12月17日＞
Sky
Begin
Step by Step
“O” -正・反・合
ジェジュンにとってRhythm Nationは、楽しさや嬉しさを味わった同年夏のa-nationのときと比べて、プレッシャーも大きかったようだ。
＜Rhythm Nation 2006＞は＜a-nation＞よりも緊張しました。なぜならば、「Sky」で僕達を初めて知ってくれた人達が初めて見る東方神起のライヴだと思ったし、昔より東方神起のことを知ってくれている人達が多くなった中でのライヴだったので、東方神起としての責任をとても感じたステージでした。（ジェジュン）
雑誌「BARKS+plus」2007年Spring号
『Step by Step』は翌2007年1月24日に発売される新曲。この時が初披露だったが、会場のファンはすぐに受け入れて楽しんでいた。
でも＜Rhythm Nation 2006＞で披露したときは、正直まだ歌い慣れていなくて、“もっとこうしたい！”という思いが残ったので、もっともっと歌い込んで練習して、完璧なスタイルで届けたいです！（ジェジュン）
～東方神起の素顔がここに～「Step by Step」大特集＜INTERVIEW＞ | BARKS
クラブミュージックとの融合
Rhythm Nationのコンセプトは“クラブオリエンテッドなJ-POP”で、ステージ演出やダンス、DJ、衣装などにクラブの要素が多く盛り込まれている。
普段の東方神起とは異なるスタイルのライブだが、彼らのパフォーマンスはRhythm Nationの雰囲気に自身をうまく融合させようとしているようだった。
エイベックスの社長（当時）の松浦勝人氏は、Rhythm Nationを自身のブログで総括し、東方神起を次のように評した。
言わずとしれた韓国ナンバー１グループ。彼らのパフォーマンスも凄いけど。
ファンの応援は更にスゴイ。騙されたと思って一度見て下さい。かっこいいです。
Rhythm Nation その 1 | 松浦勝人オフィシャルブログ「仕事が遊びで遊びが仕事」Powered by Ameba (ameblo.jp)
DVD
こちらのRhythm Nation 2006のDVDは『Step by Step』と『“O” -正・反・合』の２曲をフルで見れるほか、楽屋で出番を待つメンバーらのほのぼのとしたコメント映像も収められている。Rhythm Nation独特の雰囲気がよく伝わってくる、おすすめのDVDだ。
DVD『History in JAPAN Vol.2』の方は、フルではないが『Step by Step』と『“O” -正・反・合』 の一部が紹介されている。